Das scheint noch ein Bug zu sein. Wenn man das systemweit ab und wieder einschaltet, funktioniert das zumindest beim ersten Start danach wieder. Ich glaube, der Standard ist dem System zu folgen, was aber noch nicht wirklich funktioniert.
Ja ist ein Bug den ich bereits auf Github gemeldet habe. Bei mir random startet BL Studio nicht nur mit dem falschen Mode sondern auch mit schwarzem Text auf dunklen Fenstern…
Kurz rüber in die MacOS settings, Mode einmal hin und her switchen, dann sind die Windows wieder ok.